土壤结构的破坏，也会导致土壤板结问题的出现，同时影响着营养元素的有效吸收。缺少大马力拖拉机和配套的深松机具，不能进行深松和秸秆深翻还田整地，农田土壤耕层明显存在“浅、实、少”的问题 。当土壤有机质含量下降、连作障碍、盐基离子淋失等同时显现的时候，土壤的问题就真的很严重了！土壤酸化会滋生真菌，引发农作物根际等部位病害发生率逐年上升。
据资料统计，全球每年因病害导致的农作物减产可高达20％，其中植物的细菌性病害最为严重。除了培植在遗传上对病害有抗性的品种以及加强园艺管理外，似乎没有更好的病害防治策略。因此积极开展某些植物致病微生物的基因组研究，认清其致病机制并由此发展控制病害的新对策显得十分紧迫。人类对微生物已知只有5%，在没有掌握微生物领域的奥秘之前，乱序、杂序都只会导致这个领域的更加混乱。
微生物种类繁多，因培养方式等技术手段限制、产品市场化跟风等短期行为和研发思路等问题，所产微生物制剂产品却大多数未能发挥有益菌群的“解毒”等功能，市场上部分肥料品种中重金属、高盐、抗生素、化学农药、激素、放射性元素等有害物资含量超标，以及这些物质对环境介质中微生物的生物量、活性和群落结构影响，并诱导产生抗性基因，还有部分微生物产生的次生代谢产物如黄曲霉毒素、玉米赤霉烯酮、小麦镰刀菌毒素、呕吐毒素等真菌毒素，具有强毒性和致癌性，能够污染所有种类的食用和饲用农产品，严重危害着人、畜健康。
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